Kontrastierendes Ganzes

Vererbung (2023)Diesen Artikel zitieren

Details zu den Metriken

Genome erfassen die adaptive und demografische Geschichte einer Art, aber die Wahl der Sequenzierungsstrategie und der Stichprobengröße kann solche Schlussfolgerungen beeinflussen. Wir verglichen Gesamtgenom- und reduzierte Repräsentationssequenzierungsansätze, um die demografischen und adaptiven Signale der Population der nordamerikanischen Bergziege (Oreamnos americanus) zu untersuchen. Wir haben den Ansatz der restriktionsstellenassoziierten DNA-Sequenzierung (RADseq) auf 254 Individuen und den Ansatz der vollständigen Genome-Resequenzierung (WGS) auf 35 Individuen im gesamten Artenbereich bei mittlerer Abdeckung (9X) und auf 5 Individuen bei hoher Abdeckung (30X) angewendet. Wir haben ANGSD verwendet, um die Genotypwahrscheinlichkeiten abzuschätzen, die effektive Populationsgröße (Ne) und die Populationsstruktur abzuschätzen und die demografische Geschichte explizit mit δaδi und MSMC2 zu modellieren. Die Datensätze stimmten insgesamt darin überein, dass es sich bei Bergziegen um eine eiszeitbedingte Vikarianz und einen extrem niedrigen Ne-Wert handelte. Mithilfe einer Redundanzanalyse haben wir eine Reihe klimatischer Variablen und den geografischen Standort als Prädiktoren für die genetische Vielfalt bewertet. Ein moderater Anteil der Gesamtvarianz (36 % für WGS- und 21 % für RADseq-Datensätze) wurde durch geografische und klimatische Variablen erklärt; Beide Datensätze unterstützen einen großen Einfluss der Drift und ein gewisses Maß an lokaler Anpassung. Die hier vorgestellten empirischen Ähnlichkeiten von WGS und RADseq legen beruhigend nahe, dass beide Ansätze große demografische und adaptive Signale in einer Population wiederherstellen werden; Allerdings bietet WGS gegenüber RADseq mehrere Vorteile, wie z. B. die Ableitung adaptiver Prozesse und die Berechnung von Schätzungen der Homozygotieläufe. Angesichts der vorhergesagten klimabedingten Veränderungen in alpinen Umgebungen und der genetisch verarmten Bergziege sind die langfristigen Anpassungsfähigkeiten dieser rätselhaften Art fraglich.

Dies ist eine Vorschau der Abonnementinhalte, Zugriff über Ihre Institution

Abonnieren Sie diese Zeitschrift

Erhalten Sie 12 gedruckte Ausgaben und Online-Zugriff

259,00 $ pro Jahr

nur 21,58 $ pro Ausgabe

Leihen oder kaufen Sie diesen Artikel

Die Preise variieren je nach Artikeltyp

ab 1,95 $

bis 39,95 $

Die Preise können örtlicher Steuern unterliegen, die beim Bezahlvorgang berechnet werden

Die Rohdaten der DNA-Sequenzdaten wurden bei der SRA unter den Zugangsnummern PRJNA510081, PRJNA909333, PRJNA909334 hinterlegt.

Aguirre-Liguori JA, Ramírez-Barahona S, Gaut BS (2021) Die evolutionäre Genomik der Reaktionen der Arten auf den Klimawandel. Nat Ecol Evol 5:1350–1360. https://doi.org/10.1038/s41559-021-01526-9

Artikel PubMed Google Scholar

Andrews KR, Good JM, Miller MR, Luikart G, Hohenlohe PA (2016) Nutzung der Leistungsfähigkeit von RADseq für die ökologische und evolutionäre Genomik. Nat Rev Genet 17:81–92. https://doi.org/10.1038/nrg.2015.28

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Andrews S (2010) Babraham Bioinformatics – FastQC – ein Qualitätskontrolltool für Hochdurchsatz-Sequenzdaten. http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/. Zugriff am 25. April 2017

Beichman AC, Huerta-Sanchez E, Lohmueller KE (2018) Verwendung genomischer Daten zur Ableitung der historischen Populationsdynamik von Nichtmodellorganismen. Annu Rev Ecol Evol Syst 49:433–456. https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-110617-062431

Artikel Google Scholar

Benjelloun B, Boyer F, Streeter I, Zamani W, Engelen S, Alberti A, Alberto FJ, BenBati M, Ibnelbachyr M, Chentouf M, Bechchari A, Rezaei HR, Naderi S, Stella A, Chikhi A, Clarke L, Kijas J , Flicek P, Taberlet P, Pompanon F (2019) Eine Bewertung der Sequenzierungsabdeckung und Genotypisierungsstrategien zur Bewertung neutraler und adaptiver Diversität. Mol Ecol Resour 19:1497–1515. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13070

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Bertola LD, Sunnucks P, Bruford (SANBI) M, Brüniche-Olsen A, Cadena CD, Frankham D, Guayasamin JM, Grueber CE, Hoareau TB, Hoban S, Hohenlohe P, Hunter ME, Kershaw F, Kotze (SANBI) A, Lacy RC, Laikre L, MacDonald AJ, Meek MH, Mergeay J, Mittan C, O ́Brien D, Orozco-terWengel P, Ogden R, Páez-Vacas M, Ralls K, Ramakrishnan U, Russo I-RM, Shaw RE, Stow A, Steeves T, Vernesi C, Waits L, Segelbacher G (2021) Die genomweite Vielfalt gibt Aufschluss über das Aussterberisiko und ist entscheidend für die Erhaltung: eine Antwort auf Teixeira und Huber (2021).

Bohling J, Small M, Von Bargen J, Louden A, DeHaan P (2019) Vergleich von Schlussfolgerungen aus Mikrosatelliten- und RADseq-Datensätzen: eine Fallstudie mit bedrohten Bullenforellen. Conserv Genet 20:329–342. https://doi.org/10.1007/s10592-018-1134-z

Artikel CAS Google Scholar

Bonnet T, Morrissey MB, de Villemereuil P, Alberts SC, Arcese P, Bailey LD, Boutin S, Brekke P, Brent LJN, Camenisch G, Charmantier A, Clutton-Brock TH, Cockburn A, Coltman DW, Courtiol A, Davidian E , Evans SR, Ewen JG, Festa-Bianchet M, de Franceschi C, Gustafsson L, Höner OP, Houslay TM, Keller LF, Manser M, McAdam AG, McLean E, Nietlisbach P, Osmond HL, Pemberton JM, Postma E, Reid JM, Rutschmann A, Santure AW, Sheldon BC, Slate J, Teplitsky C, Visser ME, Wachter B, Kruk LEB (2022) Genetische Varianz in der Fitness weist auf eine schnelle zeitgenössische adaptive Evolution bei Wildtieren hin. Wissenschaft 376:1012–1016. https://doi.org/10.1126/science.abk0853

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Brelsford A, Dufresnes C, Perrin N (2016) Hochdichte geschlechtsspezifische Kopplungskarten eines europäischen Laubfrosches (Hyla arborea) identifizieren das Geschlechtschromosom ohne Informationen zum Geschlecht der Nachkommen. Vererbung 116:177–181. https://doi.org/10.1038/hdy.2015.83

Artikel CAS PubMed Google Scholar

doi: 10.1037/0033-295X.103.2.103 Brinoccoli YF, Jardim de Queiroz L, Bogan S, Paracampo A, Posadas PE, Somoza GM, Montoya‐Burgos JI, Cardoso YP (2021) Prozesse, die die Populationsstrukturierung von Jenynsia lineata (Cyprinidontiformes) vorantreiben , Anablepidae) im La-Plata-Becken. Ecol Evol 11:6119–6132. https://doi.org/10.1002/ece3.7427

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Browning SR, Browning BL (2007) Schnelle und genaue Haplotyp-Phasenbestimmung und Inferenz fehlender Daten für Gesamtgenom-Assoziationsstudien durch Verwendung von lokalisiertem Haplotyp-Clustering. Am J Hum Genet 81:1084–1097. https://doi.org/10.1086/521987

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Bushnell B (2018) BBTools. Online verfügbar unter: https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/

Catchen J, Hohenlohe PA, Bassham S, Amores A, Cresko WA (2013) Stacks: ein Analysetool-Set für die Populationsgenomik. Mol Ecol 22:3124. https://doi.org/10.1111/mec.12354

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Catchen JM, Hohenlohe PA, Bernatchez L, Funk WC, Andrews KR, Allendorf FW (2017) Ungebrochen: RADseq bleibt ein leistungsstarkes Werkzeug zum Verständnis der Genetik der Anpassung in natürlichen Populationen. Mol Ecol Resour 17:362–365. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12669

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Chikhi L, Sousa VC, Luisi P, Goossens B, Beaumont MA (2010) Die verwirrenden Auswirkungen der Populationsstruktur, der genetischen Vielfalt und des Stichprobenschemas auf die Erkennung und Quantifizierung von Änderungen der Populationsgröße. Genetik 186:983–995. https://doi.org/10.1534/genetics.110.118661

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Côté SD, Festa-Bianchet M (2003) Bergziege. In: Feldhamer GA, Thompson B, Chapman J (Hrsg.) Wilde Säugetiere Nordamerikas: Biologie, Management, Naturschutz. Die John Hopkins University Press, Baltimore, Maryland

Davey JW, Cezard T, Fuentes-Utrilla P, Eland C, Gharbi K, Blaxter ML (2013) Besonderheiten von RAD-Sequenzierungsdaten: Auswirkungen auf die Genotypisierung. Mol Ecol 22:3151–3164. https://doi.org/10.1111/mec.12084

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Dedato M, Robert C, Taillon J, Shafer A, Cote S (2022) Demografische Geschichte und Erhaltungsgenomik von Karibus (Rangifer tarandus) in Quebec. Evol Appl https://doi.org/10.1111/EVA.13495

DeWoody JA, Harder AM, Mathur S, Willoughby JR (2021) Die langjährige Bedeutung der genetischen Vielfalt im Naturschutz. Mol Ecol 30:4147–4154. https://doi.org/10.1111/mec.16051

Artikel PubMed Google Scholar

Daten des Earth Resources Observation And Science (EROS) Center (2017) Global 30 Arc-Second Elevation (GTOPO30). https://doi.org/10.5066/F7DF6PQS

Fick SE, Hijmans RJ (2017) WorldClim 2: neue 1-km-Klimaoberflächen mit räumlicher Auflösung für globale Landflächen. Int J Climatol 37:4302–4315. https://doi.org/10.1002/joc.5086

Artikel Google Scholar

Fisher RA (1930) Die genetische Theorie der natürlichen Selektion. Clarendon Press, Oxford, England

Gamble T, Coryell J, Ezaz T, Lynch J, Scantlebury DP, Zarkower D (2015) Restriction Site-associated DNA Sequencing (RAD-seq) zeigt eine außerordentliche Anzahl von Übergängen zwischen geschlechtsbestimmenden Systemen von Geckos. Mol Biol Evol 32:1296–1309. https://doi.org/10.1093/molbev/msv023

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Gautier M, Gharbi K, Cezard T, Foucaud J, Kerdelhué C, Pudlo P, Cornuet JM, Estoup A (2013) Die Auswirkung des RAD-Allel-Dropouts auf die Schätzung der genetischen Variation innerhalb und zwischen Populationen. Mol Ecol 22:3165–3178. https://doi.org/10.1111/mec.12089

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Gervais L, Perrier C, Bernard M, Merlet J, Pemberton JM, Pujol B, Quéméré E (2019) RAD-Sequenzierung zur Schätzung der genomischen Verwandtschaftsmatrix-basierten Heritabilität in freier Wildbahn: eine Fallstudie bei Rehen. Mol Ecol Resour 19:1205–1217. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13031

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Gower G, Tuke J, Rohrlach AB, Soubrier J, Llamas B, Bean N, Cooper A (2018) Geschichte der Populationsgröße anhand kurzer genomischer Gerüste: Wie kurz ist zu kurz? 382036

Grabherr G, Gottfried M, Pauli H (2010) Auswirkungen des Klimawandels in alpinen Umgebungen. Geogr. Kompass 4:1133–1153. https://doi.org/10.1111/j.1749-8198.2010.00356.x

Artikel Google Scholar

Gutenkunst RN, Hernandez RD, Williamson SH, Bustamante CD (2009) Ableitung der gemeinsamen demografischen Geschichte mehrerer Populationen aus mehrdimensionalen SNP-Häufigkeitsdaten. PLOS Genet 5:e1000695. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000695

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Hare MP, Nunney L, Schwartz MK, Ruzzante DE, Burford M, Waples RS, Ruegg K, Palstra F (2011) Verständnis und Schätzung der effektiven Populationsgröße für die praktische Anwendung im Management mariner Arten. Conserv Biol J Soc 25:438–449. https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2010.01637.x

Artikel Google Scholar

Harvey MG, Smith BT, Glenn TC, Faircloth BC, Brumfield RT (2016) Sequenzerfassung versus Restriktionsstellen-assoziierte DNA-Sequenzierung für flache Systematik. Syst Biol 65:910–924. https://doi.org/10.1093/sysbio/syw036

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Heller R, Nursyifa C, Garcia-Erill G, Salmona J, Chikhi L, Meisner J, Korneliussen TS, Albrechtsen A (2021) Ein referenzfreier Ansatz zur Analyse von RADseq-Daten mit Standard-Sequenzierungs-Toolkits der nächsten Generation. Mol Ecol Resour 21(4):1085–1097. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13324

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Hu JY, Hao ZQ, Frantz L, Wu SF, Chen W, Jiang YF, Wu H, Kuang WM, Li H, Zhang YP, Yu L (2020) Genomische Folgen des Populationsrückgangs bei vom Aussterben bedrohten Schuppentieren. Natl Sci Rev 7:798–814. https://doi.org/10.1093/nsr/nwa031

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Kardos M, Armstrong EE, Fitzpatrick SW, Hauser S, Hedrick PW, Miller JM, Tallmon DA, Funk WC (2021) Die entscheidende Rolle der genomweiten genetischen Variation bei der Erhaltung. Proc Natl Acad Sci. 118. https://doi.org/10.1073/pnas.2104642118

Kingman JFC (1982) Die Koaleszenz. Stoch Process Their Appl 13:235–248. https://doi.org/10.1016/0304-4149(82)90011-4

Artikel Google Scholar

Kjeldsen SR, Zenger KR, Leigh K, Ellis W, Tobey J, Phalen D, Melzer A, FitzGibbon S, Raadsma HW (2016) Genomweite SNP-Loci liefern neue Einblicke in die Variabilität der Koala-Population (Phascolarctos cinereus) in ihrem gesamten Verbreitungsgebiet. Conserv Genet 17:337–353. https://doi.org/10.1007/s10592-015-0784-3

Artikel Google Scholar

Knaus BJ, Grünwald NJ (2017) vcfr: ein Paket zur Bearbeitung und Visualisierung von Variantenaufrufformatdaten in R. Mol Ecol Resour 17:44–53. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12549

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Korneliussen TS, Albrechtsen A, Nielsen R (2014) ANGSD: Analyse von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation. BMC Bioinforma 15:356. https://doi.org/10.1186/s12859-014-0356-4

Artikel Google Scholar

Korneliussen TS, Moltke I, Albrechtsen A, Nielsen R (2013) Berechnung von Tajimas D und anderen Neutralitätsteststatistiken aus Sequenzierungsdaten der nächsten Generation mit geringer Tiefe. BMC Bioinforma 14:289. https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-289

Artikel CAS Google Scholar

Kumar S, Subramanian S (2002) Mutationsraten in Säugetiergenomen. Proc Natl Acad Sci 99:803–808. https://doi.org/10.1073/pnas.022629899

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Legendre P, Legendre L (2012) Kapitel 11 – Kanonische Analyse. In: Legendre P, Legendre L (Hrsg.) Entwicklungen in der Umweltmodellierung. Elsevier, S. 625–710

Li H (2013) Ausrichten von Sequenzlesevorgängen, Klonsequenzen und Assemblierungs-Contigs mit BWA-MEM. ArXiv E-Prints 1303:arXiv:1303.3997

Li H, Durbin R (2011) Rückschluss auf die Geschichte der menschlichen Bevölkerung aus einzelnen Sequenzen des gesamten Genoms. Natur 475:493–496. https://doi.org/10.1038/nature10231

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Liu S, Hansen MM (2017) PSMC-Analyse (paarweise sequentiell Markovian Coalescent) von RAD-Sequenzierungsdaten (Restriction Site Associated DNA). Mol Ecol Resour 17:631–641. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12606

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Lou RN, Jacobs A, Wilder AP, Therkildsen NO (2021) Ein Leitfaden für Anfänger zur Sequenzierung des gesamten Genoms mit geringer Abdeckung für die Populationsgenomik. Mol Ecol 30:5966–5993. https://doi.org/10.1111/mec.16077

Artikel PubMed Google Scholar

Lowry DB, Hoban S, Kelley JL, Lotterhos KE, Reed LK, Antolin MF, Storfer A (2017) Breaking RAD: eine Bewertung des Nutzens der Restriktionsstellen-assoziierten DNA-Sequenzierung für Genomscans der Anpassung. Mol Ecol Resour 17:142–152. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12635

Artikel CAS PubMed Google Scholar

MacLeod IM, Larkin DM, Lewin HA, Hayes BJ, Goddard ME (2013) Ableitung der Demografie aus Homozygotieläufen in der Gesamtgenomsequenz, mit Korrektur von Sequenzfehlern. Mol Biol Evol 30:2209–2223. https://doi.org/10.1093/molbev/mst125

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Martchenko D, Chikhi R, Shafer ABA (2020) Die Zusammenstellung und Analyse des Genoms der nordamerikanischen Bergziege (Oreamnos americanus) zeigt Reaktionen auf Artenebene auf extreme Umgebungen. G3 Gene Genome Genet 10:437–442. https://doi.org/10.1534/g3.119.400747

Artikel CAS Google Scholar

Martchenko D, White KS, Shafer ABA (2022) Langzeitdaten zeigen Auswirkungen von Klima, Straßenanbindung und Breitengrad auf die Horngröße von Bergziegen. J Wildl Manag 86:e22195. https://doi.org/10.1002/jwmg.22195

Artikel Google Scholar

Martin M, Patterson M, Garg S, Fischer OS, Pisanti N, Klau GW, Schönhuth A, Marschall T (2016) WhatsHap: schnelles und genaues lesebasiertes Phasing. bioRxiv 085050. https://doi.org/10.1101/085050

Meisner J, Albrechtsen A (2018) Ableitung der Bevölkerungsstruktur und der Beimischungsanteile in NGS-Daten mit geringer Tiefe. Genetik 210:719–731. https://doi.org/10.1534/genetics.118.301336

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Nadachowska-Brzyska K, Burri R, Smeds L, Ellegren H (2016) PSMC-Analyse effektiver Populationsgrößen in der Molekularökologie und ihre Anwendung auf schwarz-weiße Ficedula-Fliegenfänger. Mol Ecol 25:1058–1072. https://doi.org/10.1111/mec.13540

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Oksanen J, Blanchet FG, Friendly M, Kindt R, Legendre P, McGlinn D, Minchin PR, O'Hara RB, Simpson GL, Solymos P, Stevens HH, Szoecs E, Wagner HH (2020) vegan: Community Ecology Package. R-Paketversion 2.5-7

Papadopoulou A, Knowles LL (2015) Genomtests der Spezies-Pump-Hypothese: Aktuelle Inselkonnektivitätszyklen führen zu Populationsdivergenz, aber nicht zur Artbildung bei karibischen Grillen auf den Jungferninseln. Evolution 69:1501–1517. https://doi.org/10.1111/evo.12667

Artikel PubMed Google Scholar

Paris JR, Stevens JR, Catchen JM (2017) Verloren im Parameterraum: eine Roadmap für Stapel. Methoden Ecol Evol 8:1360–1373. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12775

Artikel Google Scholar

Peart CR, Tusso S, Pophaly SD et al. (2020) Determinanten der genetischen Variation auf ökoevolutionären Skalen bei Flossenfüßern. Nat Ecol Evol 4:1095–1104. https://doi.org/10.1038/s41559-020-1215-5

Artikel PubMed Google Scholar

Poissant J, Shafer ABA, Davis CS, Mainguy J, Hogg JT, Côté S, Coltman DW (2009) Genomweite Kreuzamplifikation von Mikrosatelliten von Hausschafen bei Dickhornschafen und Bergziegen. Mol Ecol Resour 9:1121–1126. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2009.02575.x

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Ramos-Onsins SE, Rozas J (2002) Statistische Eigenschaften neuer Neutralitätstests gegen Bevölkerungswachstum. Mol Biol Evol 19:2092–2100. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a004034

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Salmona J, Heller R, Lascoux M, Shafer A (2019) Ableitung der demografischen Geschichte anhand genomischer Daten. In: Rajora OP (Hrsg.) Populationsgenomik: Konzepte, Ansätze und Anwendungen. Springer International Publishing, Cham, S. 511–537

Sambrook J, Russell DW (2006) Reinigung von Nukleinsäuren durch Extraktion mit Phenol:Chloroform. Cold Spring Harb Protocol https://doi.org/10.1101/pdb.prot4455

James E, Novo I, Pardiñas AF, Saura M, Wang J, Knight A (2020) Jüngste demografische Geschichte, abgeleitet durch hochauflösende Analyse des Verknüpfungsungleichgewichts. Mol Biol Evol 37:3642–3653. https://doi.org/10.1093/molbev/msaa169

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Schiffels S, Wang K (2020) MSMC und MSMC2: The Multiple Sequentially Markovian Coalescent. In: Dutheil JY (Hrsg.) Statistical Population Genomics. Springer US, New York, NY, S. 147–166

Shafer ABA, Côté SD, Coltman DW (2011) Hotspots der genetischen Vielfalt stammen von mehreren pleistozänen Refugien bei einem alpinen Huftier ab. Evol Int J Org Evol 65:125–138. https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2010.01109.x

Artikel Google Scholar

Shafer ABA, Fan CW, Côté SD, Coltman DW (2012) (Fehlende) genetische Vielfalt in Immungenen geht der eiszeitlichen Isolation bei der nordamerikanischen Bergziege (Oreamnos americanus) voraus. J Hered 103:371–379. https://doi.org/10.1093/jhered/esr138

Shafer ABA, Gattepaille LM, Stewart REA, Wolf JBW (2015) Demografische Schlussfolgerungen unter Verwendung kurzgelesener Genomdaten in einem ungefähren Bayes'schen Berechnungsrahmen: In-silico-Bewertung von Macht, Vorurteilen und Proof of Concept beim Atlantischen Walross. Mol Ecol 24:328–345. https://doi.org/10.1111/mec.13034

Artikel PubMed Google Scholar

Shafer ABA, Peart CR, Tusso S, Maayan I, Brelsford A, Wheat CW, Wolf JBW (2017) Die bioinformatische Verarbeitung von RAD-seq-Daten hat dramatische Auswirkungen auf die nachgelagerte genetische Inferenz der Population. Methoden Ecol Evol 8:907–917. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12700

Artikel Google Scholar

Shendure J, Ji H (2008) DNA-Sequenzierung der nächsten Generation. Nat Biotechnol 26:1135–1145. https://doi.org/10.1038/nbt1486

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Sin SYW, Hoover B, Nevitt G, Edwards SV (2021) Die demografische Geschichte, nicht das Paarungssystem, erklärt die Merkmale von Inzucht und Inzuchtdepression in einer großen Outbred-Population. Bin Nat. https://doi.org/10.1086/714079

Skotte L, Korneliussen TS, Albrechtsen A (2013) Schätzung individueller Beimischungsanteile aus Sequenzierungsdaten der nächsten Generation. Genetik 195:693–702. https://doi.org/10.1534/genetics.113.154138

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Subramanian S (2016) Die Auswirkungen der Stichprobengröße auf Populationsgenomanalysen – Implikationen für die Neutralitätstests. BMC Genom 17:123. https://doi.org/10.1186/s12864-016-2441-8

Artikel CAS Google Scholar

Tarasov A, Vilella AJ, Cuppen E, Nijman IJ, Prince P (2015) Sambamba: schnelle Verarbeitung von NGS-Ausrichtungsformaten. Bioinformatik 31:2032–2034. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv098

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Teixeira JC, Huber CD (2021) Die überhöhte Bedeutung der neutralen genetischen Vielfalt in der Erhaltungsgenetik. Proc Natl Acad Sci 118. https://doi.org/10.1073/pnas.2015096118

Verrall B, Pickering CM (2020) Alpenvegetation im Kontext des Klimawandels: ein globaler Überblick über vergangene Forschung und zukünftige Richtungen. Sci Total Environ 748:141344. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.141344

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Vijay N, Bossu CM, Poelstra JW, Weissensteiner MH, Suh A, Kryukov AP, Wolf JBW (2016) Evolution der heterogenen Genomdifferenzierung über mehrere Kontaktzonen in einem Krähenartenkomplex. Nat Commun 7:13195. https://doi.org/10.1038/ncomms13195

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Wang K, Mathieson I, O'Connell J, Schiffels S (2020) Verfolgung der menschlichen Bevölkerungsstruktur im Laufe der Zeit anhand ganzer Genomsequenzen. PLOS Genet 16:e1008552. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008552

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Waples RK, Larson WA, Waples RS (2016) Schätzung der aktuellen effektiven Populationsgröße bei Nicht-Modellarten unter Verwendung des Kopplungsungleichgewichts über Tausende von Loci hinweg. Vererbung 117:233–240. https://doi.org/10.1038/hdy.2016.60

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Warmuth VM, Ellegren H (2019) Die genotypfreie Schätzung der Allelfrequenzen reduziert Verzerrungen und verbessert die demografische Schlussfolgerung aus RADSeq-Daten. Mol Ecol Resour 19:586–596. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12990

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Wootton E, Robert C, Taillon J, Côté S, Shafer ABA (2023) Die genomische Gesundheit hängt von der langfristigen demografischen Geschichte der Bevölkerung ab. Mol Ecol 32:1943–1954. https://doi.org/10.1111/mec.16863

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Wright S (1943) Isolation durch Distanz. Genetik 28:114–138

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Zhao S, Zheng P, Dong S, Zhan X, Wu Q, Guo X, Hu Y, He W, Zhang S, Fan W, Zhu L, Li D, Zhang X, Chen Q, Zhang H, Zhang Z, Jin X , Zhang J, Yang H, Wang J, Wang J, Wei F (2013) Die Sequenzierung des gesamten Genoms von Riesenpandas bietet Einblicke in die demografische Geschichte und lokale Anpassung. Nat Genet 45:67–71. https://doi.org/10.1038/ng.2494

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Referenzen herunterladen

Wir danken Marty Kardos, Joanna R. Freeland und Paul J. Wilson für Kommentare zu früheren Versionen dieses Manuskripts.

Diese Arbeit wurde durch einen Discovery Grant des Natural Sciences and Engineering Research Council, die Canada Foundation for Innovation: John R. Evans Leaders Fund und Compute Canada Awards an ABAS unterstützt; Earth Rangers Bring Back the Wild-Stipendium und WCS Canada W. Garfield Weston Foundation 2017 und 2018 Fellowships for Northern Conservation an DM. DM wurde durch das Ontario Graduate Scholarship unterstützt. Die Proben wurden vom Alaska Department of Fish and Game, dem BC Ministry of Forests, Lands, and Natural Resource Operations, der BC Mountain Goat Conservation Society, Environment Yukon, Montana Fish, Wildlife and Parks, Alberta Fish and Wildlife und dem Washington Department of Fish and bereitgestellt Tierwelt.

Graduiertenprogramm für Umwelt- und Biowissenschaften, Trent University, 2140 East Bank Drive, Peterborough, ON, K9J 7B8, Kanada

Daria Martchenko & Aaron BA Shafer

Graduiertenprogramm der Abteilung für Forensik, Umwelt- und Biowissenschaften, Trent University, 2140 East Bank Drive, Peterborough, ON, K9J 7B8, Kanada

Aaron BA Shafer

Sie können diesen Autor auch in PubMed Google Scholar suchen

Sie können diesen Autor auch in PubMed Google Scholar suchen

ABAS hat die Studie konzipiert. DM und ABAS analysierten die Daten und verfassten das Manuskript.

Korrespondenz mit Daria Martchenko.

Die Autoren geben an, dass keine Interessenkonflikte bestehen.

Anmerkung des Herausgebers Springer Nature bleibt hinsichtlich der Zuständigkeitsansprüche in veröffentlichten Karten und institutionellen Zugehörigkeiten neutral.

Mitherausgeber: Giorgio Bertorelle.

Springer Nature oder sein Lizenzgeber (z. B. eine Gesellschaft oder ein anderer Partner) besitzen die ausschließlichen Rechte an diesem Artikel im Rahmen einer Veröffentlichungsvereinbarung mit dem Autor bzw. den Autoren oder anderen Rechteinhabern. Die Selbstarchivierung der akzeptierten Manuskriptversion dieses Artikels durch den Autor unterliegt ausschließlich den Bedingungen dieser Veröffentlichungsvereinbarung und geltendem Recht.

Nachdrucke und Genehmigungen

Martchenko, D., Shafer, ABA Kontrastierung der Sequenzierung des gesamten Genoms und reduzierter Repräsentation für demografische und adaptive Inferenzen der Population: eine Fallstudie alpiner Säugetiere. Vererbung (2023). https://doi.org/10.1038/s41437-023-00643-4

Zitat herunterladen

Eingegangen: 22. Oktober 2022

Überarbeitet: 22. Juli 2023

Angenommen: 22. Juli 2023

Veröffentlicht: 02. August 2023

DOI: https://doi.org/10.1038/s41437-023-00643-4

Jeder, mit dem Sie den folgenden Link teilen, kann diesen Inhalt lesen:

Leider ist für diesen Artikel derzeit kein Link zum Teilen verfügbar.

Bereitgestellt von der Content-Sharing-Initiative Springer Nature SharedIt